El bienestar animal es prioridad en el Zoológico Nacional, por lo que se trabaja bajo los más altos estándares y con base en evidencia científica, de manera de que los animales nuestro cuidado prosperen y tengan una buena calidad de vida. Para ello, se promueve el bienestar de los animales mediante el Modelo de los Cinco Dominios del Bienestar Animal (Nutrición, Salud, Alojamiento o Entorno, Conducta, y Bienestar Mental).